Prirodni silikat ZrSiO4 koji sadrži cirkon naziva se cirkon (Zircon) ili zumbul (hyacinth) široko rasprostranjen u prirodi, s raznim prekrasnim bojama od narančaste do crvene, od davnina se smatra dragim kamenom, kaže se da riječ Cirkon dolazi od arapske riječi Zarqūn, što je cinober, a također se kaže da dolazi od perzijske riječi Zargun, što je zlato, a zumbul dolazi od grčke riječi "ljiljan", a otočna država Šri Lanka u Indijskom oceanu je bogato cirkonom. Drago kamenje koje sadrži cirkonij kao oblik cirkona poznato je od davnina.
Godine 1789. Nijemac MHKlaproth otkrio je da je, kada je proučavao cirkon, bio eutektik s natrijevim hidroksidom, rashladno sredstvo je otopljeno klorovodičnom kiselinom, u otopinu je dodan kalijev karbonat, talog je filtriran i očišćen, a zatim je sediment ko- kuhati sa sumpornom kiselinom, a zatim je silicij oksid filtriran, a kalcij, magnezij, aluminijev oksid, koji nije pronađen, istaložio se nakon dodavanja kalijevog karbonata u otopinu, ovaj se talog nije otopio u lužini kao glinica , niti je djelovao s kiselinom poput magnezijevog oksida, Klaproth je vjerovao da je ovaj talog drugačiji od prethodno poznatih oksida, te da se sastoji od Zirkonerde (cirkonij, njemački), a ubrzo su francuski kemičar de Both Morueau i Vauquelin potvrdili ispravnost MH Klaprothovoj analizi, latinski naziv elementa je Zirconium, a simbol je Zr, što se na kineskom prevodi kao cirkonij.
Godine 1808. Britanac H.Davy upotrijebio je električnu struju za razgradnju cirkonijevih spojeva, ali bez uspjeha, 1824. Šveđanin JJ Berzelius prvi je upotrijebio kalij za redukciju K2ZrF6 da bi proizveo metalni cirkonij, ali nije bio dovoljno čist, reakcija je bila formula: K2ZrF{ {5}}K=Zr + 6KF, reakcija se također može koristiti Na kao redukcijsko sredstvo, do 1914., dva istraživača Lely i Ham u tvornici za proizvodnju metalnih bijelih žarulja u Brugeru u Nizozemskoj upotrijebio bezvodni cirkonijev tetraklorid i višak metalnog natrija u praznu kuglu, zagrijanu električnom strujom na 500 stupnjeva, i dobio čisti metalni cirkonij.
Potpuno čisti cirkonij tek su 1925. godine proizveli nizozemski kemičari Anton Eduard van Arkel i Jan Hendrik de Boer razgradnjom cirkonijevog tetrajodida (ZrI4). Cirkonij se proizvodi u velikim količinama zagrijavanjem cirkonijevog tetraklorida s magnezijem.